目的：研究靶向药物联合手术治疗先天性心脏病合并重度肺动脉高压的应用效果。方法：选取2019年1月-2022年12月期间本院收治50例先天性心脏病合并重度肺动脉高压患者作为研究对象。根据治疗方式差异分为对照组、研究组，每组25例患者。两组均行手术治疗。对照组采用西地那非行靶向药物治疗，研究组采用波生坦行靶向药物治疗。对比两组临床疗效、治疗前后肺动脉高压功能分级、肺动脉收缩压、Borg呼吸困难指数、心功能指标、肺功能指标及不良反应发生率。结果：1）治疗后，两组中心功能分级为Ⅰ级、Ⅱ级患者占比相比，研究组均高于对照组，P＞0.05；两组中心功能分级为Ⅲ级患者占比相比，研究组低于对照组，P＞0.05；两组中心功能分级为Ⅳ级患者占比相比，P＞0.05。2）治疗前后，两组BORG评分、sPAP对比，P＜0.05。治疗后，两组BORG评分相比，研究组低于对照组，P＜0.05；两组sPAP相比，研究组低于对照组，P＜0.05。3）治疗前后，两组LVEDD、RVD、EF对比，P＜0.05。治疗后，两组LVEDD、RVD相比，研究组均短于对照组，P＜0.05；两组EF相比，研究组高于对照组，P＜0.05。4）两组不良反应发生率对比，研究组低于对照组，P＜0.05。结论：波生坦靶向药物联合手术治疗先天性心脏病合并重度肺动脉高压，可缓解呼吸困难症状，降低肺动脉压力，改善心功能，且安全性较高。